App.Previnstance funciona siempre y cuando sea el mismo exe y en la misma ruta, lo que quiere decir que, si tenes 2 copias del exe vas a poder correrlas sin que App.Previnstance haga nada.

Solucion: Mutex o en realidad lo que quieras dependiendo de tus necesidades aca hay otra manera pero es mas compleja y completa http://www.planetsourcecode.com/vb/scripts/ShowCode.asp?txtCodeId=68998&lngWId=1&txtForceRefresh=71120083271344872