si ya tienes el código fuente... cual es el problema ??

* No sabes cómo funciona ??
No creo que nadie vaya a empollarse el código por ti para explicarte su funcionamiento paso a paso.

* No sabes qué hacer con el ??
Pues no se, primero intenta entender el código y después si quieres pruébalo en un entorno seguro.

* No sabes cómo añadirle funcionalidad ??
Para eso primero deberías conocer cómo funciona el troyano y el entorno en el que se mueve... si es de IRC, por ejemplo, deberías mirarte la documentación sobre el protocolo IRC, posibles vulnerabilidades, etc.

* No sabes qué funcionalidad añadirle ??
Todo es cuestión de dedicarle tiempo... o lo mismo es que el programa está bien tal cual está. Hay un dicho que dice "se sabe que se ha alcanzado la perfección en algo no cuando no hay más que añadir, sino cuando no queda nada que quitar". Dicho en cristiano... las cosas, cuanto más simples, mejor.

* otras cuestiones ??
Adelante, no te cortes y expón tus inquietudes.

Tienes que compilarlos... y esa es una tarea que no tiene una forma única y exacta de hacerse, depende de si tiene dependencias, si viene con un makefile o no, si viene preparado para compilar en Windows o en Linux o ambos...

Debido a que no sabes esto quizás debieras empezar por aprender a programar en c o c++ y luego lanzarte a la aventura con programas más avanzados