Depende, es por hobby o para trabajar? si es por trabajo te conviene mas java porque se paga mas en el mundo laboral, por otro lado si es por hobby debes considerar que si haces proyectos en c# este tendrá full compatibilidad y performance en servidores con windows y tendrás que usar iis y todo lo demás, en costos es mucho mas caro trabajar con c# e incluso hasta mas riesgoso en temas de seguridad debido a la moda ransomware, por otro lado java es multiplataforma, si quieres puedes usar un proyecto java en windows o en linux, te permite escalar mucho mejor con sistemas mas robustos y mejor preparados, windows solo tiene windows server y está muy lejos de estar preparado para servicios en la nube, microservicios, contenedores y demás, en cambio si haces tu proyecto en c# no podrás cambiar de sistema operativo aunque quisieras, es parte de la estrategia de venderte un producto, no te cobran por usar c# porque no pueden pero si te cobran por el sistema que lo soporta el cual es uno solo y no hay más.

Yo he programado en ambos y he hecho proyectos en ambos, he programado tanto para c# utilizando mvc framework, migrations, sql server, entity framework, linq, etc y también he hecho desarrollos para java en spring boot con persistencia, hibernación, postgres, repositorio de datos, modelos de separación de capas, etc, y bajo mi experiencia personal te recomiendo que no desperdicies tu tiempo y aprendas java, a demás, te servirá para crear otro tipo de aplicaciones, no solo web sino tambien movil como android, microsoft quiso integrar c# al mundo movil y fracasó, microsoft ultimamente ha estado lleno de fracasos en el mundo del desarrollo aplicativo y su tendencia te puede arrastrar debido a la dependencia de c#.

Por otro lado, es posible compilar algo de c# en linux o unix? la respuesta es si, el problema es que c# en windows debes usar visual studio y visual studio "completo" solo está disponible para windows, a demás, a c# le agrega su .net el cual la versión "full" solo está disponible para windows, en la versión core de .net tendrás un ecosistema mucho mas reducido y el performance en linux es pobre, asi que practicamente estarás obligado a usar servidores con windows, en cambio el performance de java es igual en cualquier sistema y sus editores no dependen de oracle, por ejemplo yo uso intelij.

Saludos.