ESPERO alguna sugerencia por favor ?¿

 Si he entendido bien (cosa que no estoy seguro ya que tu mensaje me resulta confuso y poco claro) tienes un programa que antes leía ficheros con datos y ahora, esos ficheros los has migrado a una base de datos sql y claro, quieres que el programa siga funcionando sin tener que tocar código, ya que por lo que dices no tienes el código fuente, es correcto?
Si ese es el caso... lo siento pero lo tienes complicado, ya que ahora usas una base de datos sql y para consultar datos tienes que utilizar consultas sql, con lo cual, la interfaz para extraer datos en tu programa, tiene que ser modificada. Si no tienes el código fuente, siento decirte que tendrás que programar esa capa de acceso a datos para que ahora puedas extraer información de la base de datos. Si he entendido bien, el programa que tienes ahora, no te servirá para acceder a información, tendrás que establecer conexiones con la base de datos y realizar consultas sql.