ejecución en la nube... te refieres a vía web, mediante servicios o en apps instaladas en el movil?? la situación puede cambiar bastante.

Además, los programas de escritorio funcionan de forma diferente a las aplicaciones web.

Quizás la solución más reutilizable sería diseñar un catálogo de servicios Web ( para eso puedes usar PHP, .Net o Java entre otros ). Un servicio Web se caracteriza por no tener una interfaz gráfica, pero gracias a eso, únicamente tienes que preocuparte de crear la interfaz gráfica específica para cada plataforma, ya que la información te la va a proveer el servicio Web.

El problema que puede presentar este diseño es que si se realizan cálculos pesados se puede saturar el servidor con bastante facilidad. Una posible solución al respecto pasa por diseñar el sistema para que sea distribuido, aunque claro, el coste de mantener el sistema en marcha de incrementa con cada servidor nuevo que tengas que añadir.

La opción B es diseñar una suerte de librerías básicas ( en C++ por ejemplo que suele ser compatible con casi todos los entornos y reutilizable desde Java, .Net y PHP, por ejemplo ) y llevarlas a cada sistema en el que quieras implantar tu aplicación ( un servidor web, aplicaciones de escritorio, aplicaciones móviles, etc ). El problema de este sistema es que las actualizaciones de las librerías te van a dar más trabajo ( por el tema de compilarlas en cada sistema y distribuirlas entre los usuarios )... la ventaja es que no tendrás que invertir en el despliegue de servicios web.