depende del OS del servidor si es linux, y creas el enlace simbolico, al entrar (desde cualquier OS) se verá como un archivo común y corriente... si es en windows es otro lio (existen los enlaces simbolicos en windows?)

¿Quizás lo que buscas no es un enlace simbólico sino una unión de directorio (o por su nombre en Inglés: Directory Junction)?, puesto que un enlace simbólico se resuelve en el lado del cliente y en teoría no debería apuntar a una ruta de tu FTP sino a una ruta local (esa misma ruta) en la máquina del usuario, mientras que la unión de directorio se resuelve en el lado del servidor así que persiste de forma remota la ruta que apunta a tu máquina.

En Windows puedes utilizar la aplicación MKLINK.exe para generar tanto enlaces simbólicos como enlaces físicos (o por su nombre en Inglés: Hard Links) y uniones de directorios.

Sobre el tema de que el enlace o unión creado desde Windows o desde Linux sea visible y accesible desde un cliente que use el sistema operativo opuesto, y encima mediante FTP pues... eso ya no lo sé, no tengo experiencia o práctica en este tipo de escenario en el que te encuentras, pero creo que no habría que asumir que tu enlace simbólico o unión de directorio esté "mal" por que un programa cualquiera lo interprete de "X" forma (de la forma en que este ha sido programado para interpretarlo como le de la real gana), ya que según lo que he leido el soporte de enlaces simbólicos no forman parte de las especificaciones del protocolo FTP, aunque si que se pueden representar como tal. De todas formas creo que el lugar apropiado donde deberías formular ese tipo de dudas sobre Filezilla podría ser en el foro oficial de soporte de Filezilla...

• https://forum.filezilla-project.org/viewforum.php?f=2

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Por supuesto. La verdad es que Windows no le tiene nada que envidiar a las distribuciones basadas en Linux más que por ser gratuitas y por que bastantes están enfocadas a la programación/hacking pero eso es cuestión de gustos más que otra cosa (no le hace mejor ni peor S.O), bueno, y por que es un sistema operativo "más seguro" (y no hablo de virus, que eso es una chorrada ya que la mejor forma de estar seguro ante ese tipo de amenazas es no ser un descerebrado y tener dos dedos de frente... en el S.O. que sea).

Lo cierto es que con Windows 10 día tras día actualización tras actualización hacen grandes avances y si algunas cosas antes eran exclusivas de Linux comparado con Windows, como podría ser por ejemplo el soporte nativo para SSH, o la propia shell de Linux (o mejor dicho una capa de compatibilidad que permite ejecutar software de Linux en Windows, y desarrollar código en Bash y ejecutar Bash-scripts por supuesto, incluso desde el propio menú "Ejecutar" de Windows), ahora Windows incluye esas cosas y seguirá incluyendo más características en el futuro...

Si todo sigue como hasta ahora, quizás la eterna gloria de Linux por ser "más seguro" y "la mejor opción para un hacker profesional" poco a poco con los años se irá convirtiendo en un falso mito (y digo falso mito por que los amantes de Linux seguirán pensando que Windows no puede hacer lo que Linux si puede hacer, y de este modo en su ignorancia crearán y predicarán un falso mito), Linux dejará de ser la opción favorable y casi-universal como plataforma de hospedaje para servidores y etc, y quizás, solo quizás Windows consiga obtener el arma de la victoria con la que destronar a Linux del primer puesto. Aunque... si... lo se... para eso entre otras muchas cosas Windows tendría que empezar por ser tan liviano como una distro de Linux, y eso sinceramente no lo veo posible en un futuro próximo xD.

Saludos.