Cuando abres un archivo, puedes usar, por ejemplo fopen... si echas un vistazo a la documentación de esta función verás que tienes que indicar la ruta del archivo a abrir además de las restricciones con las que abres el fichero (solo lectura, crear si no existe, etc).

Y esto, básicamente, creo que responde a tus dudas:

* ¿Dónde se encuentran? Donde tú hayas indicado. Si has indicado una ruta relativa tendrás que mirar cual es el directorio de trabajo y empezar a trazar la ruta relativa a partir de ahí.
* ¿Hay que crearlos para que se sobreescriban? No necesariamente... una de las opciones a la hora de abrirlo es que se borre su contenido.
* ¿Dónde los guardo? Donde te de la gana. Sin embargo, recuerda que determinadas rutas pueden tener restricciones de acceso, como determinadas carpetas del sistema. Los únicos requisitos son tener espacio en el disco y permisos de escritura en la carpeta destino y al fichero en el caso de modificaciones.

Un saludo.

Deberías buscar un manual de C por Internet.

Una cosa es tener dudas sobre cómo funciona un código y otra es preguntar cosas tan básicas que cualquier manual de C te sabe explicar.