Mira deja de contestar porque pareces que no entiendes, el programa externo no lo puedo tocar y punto, no es parte de la solución que estoy otorgando y esta fuera de mi alcance.

Y volviendo a lo de tu programa... me parece lógico que si tienes que aprovechar la salida de un programa ajeno tengas que adaptarte a sus salidas, pero eso no implica que yo no pueda pensar que el que programó eso podía haberlo hecho mejor. Es mi opinión y es tan respetable como la tuya.

Quizás antes de programar deberías practicar un poco de comprensión lectora...

Para intentar ayudar, si el formato de las opciones siempre es de la misma manera como "opcionX" u "OpcionX" o lo que sea, puedes pasarle un puntero al inicio del número en la cadena a la función atoi() de esta manera:

#include <stdlib.h>
char cadena[]="opcion123";
printf("%d\n", atoi(cadena+6));

Claro que si el formato entre opciones cambia entonces ya no sirve. Si no cambia, podrías hacer lo que dijo eferion para ahorrarte un switch-case tan grande y usar punteros a función. Por ejemplo:

// prototipos de las funciones
int funcion_1(void);
int funcion_2(void);
 
//...
 
// dentro de main
int (*f[])(void)={funcion_1, funcion_2};    // array de funciones
char cadena[]="opcion2";
int index=atoi(cadena+6);                   // index de la funcion a ejecutar segun la opcion
f[index]();                                 // se ejecuta la funcion

Y bueno, de esta manera ganarías bastante rapidez aunque se perdería algo de legilibilidad en el código.

Saludos.

Como dice Xiruko, practica comprensión lectora... y te lo digo más que nada por esto ( lo he aislado para que te sea más sencillo de localizar ):

Resumido: si el programa que te pasa los parámetros no es tuyo, te tienes que adaptar, no hay otra. Sin embargo yo sigo pensando que el mecanismo empleado es malo con ganas.

Y tranquilo, procuraré no responderte en el futuro, al menos hasta que no aprendas a leer lo que la gente se molesta en escribirte.