Bueno gracias por la ayuda  , de cualquier manera encontré el código como viene en el libro de soluciones aunque realmente no lo comprendo y estoy un poco frustrado porque mi compilador me da errores al ejecutarlo, utilizo "xcode".

#include <stdio.h>
#define TRUE 1
#define FALSE 0
#define MAX 100 /* the maximum number of commands */
 
/* function prototypes */
void getCommands( int commands[][ 2 ] );
int turnRight( int d );
int turnLeft( int d );
void movePen( int down, int a[][ 50 ], int dir, int dist );
void printArray( int a[][ 50 ] );
 
int main(int argc, const char * argv[])
{
    //Declaraciones
    int floor[ 50 ][ 50 ] = { 0 };
    int penDown = FALSE;
    int command;
    int direction = 0;
    int commandArray[MAX][ 2 ] = {0};
    int distance;
    int count = 0;
    //Fin Declaraciones
 
    getCommands( commandArray );
    command = commandArray[ count ][ 0 ];
 
    while(command!=9){
 
        switch (command) {
    case 2:
        penDown = TRUE;
        break; /* exit switch */
    case 3:
        direction = turnRight( direction );
        break; /* exit switch */
    case 4:
        direction = turnLeft( direction );
        break; /* exit switch */
    case 5:
        distance = commandArray[count][1];
        movePen( penDown, floor, direction, distance);
        break; /* exit switch */
    case 6:
        printf( "\nThe drawing is:\n\n" ); printArray( floor );
        break; /* exit switch */
        } /* end switch */
    command = commandArray[ ++count ][ 0 ];
} /* end while */
    return 0;
}/**************-FIN-DE-MAIN-***************/
void getCommands( int commands[][2]) {
    int i; /* counter */
    int tempCommand; /* temporary command holder */
 
 
    printf( "Enter command ( 9 to end input ): ");
    scanf( "%d", &tempCommand );
 
    /* recieve commands until -9 or 100 commands perform action */
    for(i=0;tempCommand!=9&&i<MAX;i++){ commands[ i ][ 0 ] = tempCommand;
        /* ignore comma after 5 is entered */
        if ( tempCommand == 5 ) {
            scanf( ",%d", &commands[ i ][ 1 ] );
        } /* end if */
        printf( "Enter command ( 9 to end input ): " );
        scanf( "%d", &tempCommand );
    }
    commands[ i ][ 0 ] = 9;
}/*   FIN DE GET COMMANDS  */
int turnRight( int d )
{
    return ++d > 3 ? 0 : d;
}
int turnLeft( int d ) {
    return --d < 0 ? 3 : d;
}
void movePen( int down, int a[][ 50 ], int dir, int dist ) {
    int i;
    int j;
    static int xPos = 0;
    static int yPos = 0;
 
    /* determine which way to move pen */
    switch(dir){
        case 0:
             for (j=1;j<=dist&&yPos+j<50;j++){
                 if (down) {
                a[xPos][yPos+j]=1;
                 } /* end if */
             }
            yPos += j - 1;
            break; /* exit switch */
 
        case 1: /* move down */
    /* move dist spaces or until edge of floor */
            for (i=1;i<=dist&&xPos+i<50;i++){
                if (down) {
                    a[xPos+i][yPos] =1;
                }
            }
            xPos += i - 1;
            break;
 
        case 2: /* move to the left */
            for (j=1;j<=dist&&yPos-j>=0;j++){
                if (down){
                    a[xPos][yPos-j]=1;
                } /* end if */
            }
            yPos -= j - 1;
            break; /* exit switch */
 
        case 3: /* move up */
            /* move dist spaces or until edge of floor */
            for (i=1;i<=dist&&xPos-i>=0;i++){ 
                if (down){
                    a[xPos-i][yPos]=1;
                } /* end if */
            }
            xPos -= i - 1;
            break; /* exit switch */
    }
}
void printArray( int a[][ 50 ] ) {
    int i; /* counter */
    int j; /* counter */
    /* loop through array */
    for ( i = 0; i < 50; i++ ) {
        /* loop through array */
        for ( j = 0; j < 50; j++ ) {
            putchar( a[ i ][ j ] ? '*' : ' ' );
        } /* end for */
        putchar( '\n' );
    } /* end for */
}

El código está simplemente copiado y como dije anteriormente me gustaría saber como es que esto..

if ( tempCommand == 5 ) {
scanf( ",%d", &commands[ i ][ 1 ] );
} /* end if */

ignora la coma pues lee la variable tempCommand pero ésta fue previamente escaneada y ahí luego luego viene mi problema al meter el 5 y la coma, si alguien me pudiera ayudar se lo agradecería para avanzar en mi aprendizaje.

lo que pasa es que no se entiende si lo sacas de contexto

se lee asi, mas o menos,  (haga un bucle iniciando en i=o ; con limite en la variable tempCommand distinta de 9 y con i menor a MAX ; si no entra en el limite sume uno a i ) mientras no cumpla esos limites hara lo siguiente la variable tempCommand se guarda en commands[ i ][ 0 ] (fijate que cada bucle hara que i suba en una.
el bucle no termina alli dice si  tempCommand es igual a 5 ingrese manualmente un decimal entero para que ocupe el lugar de la variable commands[ i ][ 0 ] o sea si es 5 meta el dato a mano que el bucle no lo hace, en cada bucle va a aparecer en pantalla si mete 9 sale del bucle,
El tema de la coma la soluciona porque la variable commands[ i ][ 1 ] es una matriz bidimensional