Un ejemplo como podría hacer para que no se repitieran los números debería agregar una función o agregarlo a una de las que ya tengo.
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>
#define filas 5
#define columnas 5
void cargar_matriz(int matriz[filas][columnas]);
void ordenar_matriz(int matriz[filas][columnas]);
void imprimir_matriz(int matriz[filas][columnas]);
int i,j,k,l;
int main() {
int matriz[filas][columnas];
cargar_matriz(matriz);
ordenar_matriz(matriz);
imprimir_matriz(matriz);
return 0;
}//Fin main
void cargar_matriz(int matriz[filas][columnas]){
for(i = 0; i < filas; i++) {
for(j = 0; j < columnas; j++) {
matriz
[i
][j
] = rand()%25+1; }
}
}//Fin función
void ordenar_matriz(int matriz[filas][columnas]){
int mayor;
for(i = 0; i < filas;i++) {
for(j = 0; j < columnas;j++){
for(k = 0; k < 5;k ++) {
for(l = 0; l < 5; l++) {
if(matriz[i][j] < matriz[k][l]) {
mayor = matriz[i][j];
matriz[i][j] = matriz[k][l];
matriz[k][l] = mayor;
}
}
}
}
}
}//Fin Función.
void imprimir_matriz(int matriz[filas][columnas]){
for(i = 0; i < filas; i++) {
for(j = 0; j < columnas; j++) {
}
}
}//Fin función