Pero si no te han pedido implementar una ordenación, ¿por qué quieres usar la burbuja ahí?

Además está mal redactado lo que quieres, vuelvelo a leer, verás que se entiende poco.

¿
"me han pedido que lo mejore imprimienole además del promedio la calificacion mas alta del alumno"
?

Corrijo
El problema es
1-Pedir numero de materias
2-Obtener promedio
3-Imprimir la calificacion mas alta

Esto es lo que tengo, ya me imprime el promedio; aunque siempre me imprime 0 como si fuera la calificacion mas alta.
Segun yo utilizo el ordenamiento para imprimir la que quede "hasta al final" e imprimirla.
Por si me ayudan otra vez, jeje

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#define  M 10
int main(int argc, char *argv[])
{
  int n, i, j, temp;
  float  calif[M], prom=0;
  printf ("Cuantas materias tomaste en el semestre:");
  scanf ("%d", &n);
  for(i=0; i<n; i++){
  {      printf("Dame tu calificacion:");
           scanf("%f", &calif[i]);
           prom=prom + calif[i];
           }
           for (j=i; j<n; j++)
               {if (calif[i]>calif[j])
               temp=calif[i];
               calif[i]=calif[j];
               calif[j]=temp;
               }}
 
  printf("\n\nTu calificacion mas alta es: %i", calif[i]);
 
  calif[i] = prom/n;
  printf("\n\n\nTu promedio es:  %.02f\n\n", calif[n]);
  system("PAUSE");	
  return 0;
}

Yo te recomendarías dos cosas para empezar: tabula y pon comentarios. Porque el código tal cual esta es incomprensible.
Antes de preguntas, por qué no usas el debuger, aprenderas más que si te resuelven otros las dudas simples.
En todo caso como dice biribau no te hace falta ordenar y en este caso no deberías ordenador es totalmente ilógico y sobrecargas el programa para nada.

Lo que tienes que hacer es coger un papel y plantearte el problema. Necesitas saber cual es la nota maxima. Pues como te ha dicho biribau :


Después de insertar los datos en el vector con el primer for. Haz otro for igual y dentro pregunta si el dato que esta en MAX es mejor que el del vector, si es el caso cambia, sino pues que siga.
NOTA:No hace falta un mínimo para eso, tan solo inicialo con el primer valor del vector.



Una burbuja en speudocódigo


Esto es la estructura de una burbuja.


Un saludo