te puedo ayudar con la lógica, y resolución de código ya echo, pero no esperes que te lo de servido ya para copiar y pegar, no se hacen tareas...
vos te referís que si tengo la matriz:

el programa calcule el factorial de 1, 5 y 9 ?
si es eso, fíjate que todos esos elementos tienen en común que están ubicados en la posición de manera tal que su posición en fila/columna es igual, por ejemplo, el elemento 1 esta en Matriz [1] [1] , el elemento 5 en Matriz [2] [2] y elemento 9 en matriz [3] [3]

buenas, suponiendo que tienes una funcion para calcular el factorial de un numero, para calcular los que estan por encima de la diagonal principal fijate en esto (supon que i son las filas y j las columnas):

1 2 3 4 -> en i=0, tienes que calcular el factorial de los numeros en j=1, j=2 y j=3
5 6 7 8 -> en i=1, tienes que hacerlo de los numeros en j=2 y j=3
9 a b c -> en i=2, del numero en j=3
d e f g -> en i=3, del numero en j=4 (que no hay)

por lo tanto, para cada fila i, tienes que calcular el factorial del numero que este desde la posicion j=i+1 hasta el numero total de columnas.

un saludo!