Cuando tengas un problema con un programa y este sea pequeño por favor publica este completo.

El porque el programa no realiza una pausa al pedir cada uno de los elementos se debe a que el especificador "%c" se traga el primer carácter que encuentre en el bufer de la entrada estándar y, en tu caso y en varias ocasiones, este es el avance de linea de (valga la redundancia) la linea anterior.

Para evitarlo basta con utilizar " %c" en la llamada a scanf. El espacio en " %c" es necesario para descartar cualquier carácter de espacio blanco (espacio, tabulador, avance de linea) que se encuentre en el mentado bufer.

Un saludo

muchas gracias por sus respuestas una ultima pregunta

ahora tengo una matriz que me tiene que ingresar solamente numeros, ya le puse la condicion para que en caso de ingresar una letra u otro caracter me marque un error pero por ejemplo si me pide ingresar un numero y yo le pongo 12b aunque tenga una letra si me lo toma por bueno y quiero evitarlo,como lo haria?

int main()
{
    int i,j,n,m;
    char matriz[MAX][MAX];
    printf("Dame el numero de filas: ");
    scanf("%d",&n);
    printf("Dame el numero de columnas: ");
    scanf("%d",&m);
    for(i=0;i < n;i++)
    {
        for(j=0;j < m;j++)
        {
            printf("Dame el elemento (%d,%d):\n",i,j);
            scanf("%s",&matriz[i][j]);
            if(matriz[i][j] < 48 ||matriz[i][j] > 57 )
            {
                printf("Error!!Solo puede ingresar numeros\n");
                j--;
            }
        }
    }
    return 0;
}