Cuando tengas una duda o problema con alguno de tus programas por favor indica el lenguaje de programación.

En cuanto a la causa del error es la que comentas:

Como resolverlo depende del lenguaje, en el caso de C++ lo mas fácil es utilizando una referencia, un ejemplo de ello:

void generar(int**& arreglo, int fil, int col )
{
   arreglo = (int**) malloc(fil * sizeof(int *));
   for (int i = 0; i != fil; ++i)
      arreglo[i] = (int*) malloc(col * sizeof(int));
}

También se debe remplazar el uso de malloc por el operador new (y free por delete).

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En el caso de C bien pasas un puntero a la variable (tipo "int ***") o, la mas sencilla, modificas la función para que retorne la dirección del bloque principal:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
 
int **generar(int fil, int col);
 
int main(void)
{
   int **mat;
 
   /* ... */
 
   mat = generar(10, 20);
 
   /* ... */
 
   return EXIT_SUCCESS;
}
 
int **generar(int fil, int col)
{
   int **mat;
   int i;
 
   mat = malloc(fil * sizeof *mat);
   for (i = 0; i < fil; i++)
      mat[i] = malloc(col * sizeof *mat[i]);
 
   return mat;
}

Un saludo