Posiblemente eso sea debido a que has escrito una instrucción ilegal (el IDE no te marca ningún error al compilar porque no hay error sintáctico sino error conceptual).
Si posteas el código podría indicarte dónde está el error pero yo ya te digo que si se trata de vectores lo más probable es que estás recorriendo la tabla hasta elementos que no existen, esto es, si la tabla/vector tiene 10 elementos, tú estás intentando acceder al elemento número 11.
En caso de que hubieses puesto "vector [11] = 2;" el compilador si te indicaría el error porque no existe el elemento número 11, sin embargo desde un bucle:
for (i = 0; i <= 10; i++)
{
vector [i] = 0;
}
Como le estás diciendo al compilador que acceda al elemento "i" de la tabla (el cual va de 0 en adelante y por tanto lo toma por correcto) no te indica ningún fallo, pero el bucle llega al elemento número 11 el cual no existe.
Ese es el fallo más común según el problema que planteas, y no tiene que ver con el compilador/IDE.
Compruebalo y si no es asi postea el código. Un saludo.