El problema se debe a que estas utilizando feof para controlar el bucle de lectura y con ello se realiza una iteración de mas:

printf( "\n\n Listado completo\n" );
while( !feof(ptrEst) ){
   fread(&est, sizeof(est), 1, ptrEst);
   printf( " %d - %s \n", est.matricula, est.nombre );
}

La solución manteniendo el uso de la función feof ya te la dio BloodSharp, solo ten cuidado con el bucle ya que son dos expresiones separadas por el operador condicional ",".

Otra opción consiste en olvidarse de feof, temas relacionados con ello los puedes consultar mediante el motor de búsqueda de los foros, lo usual salvo casos excepcionales es, en lugar del uso de la bendita función, utilizar el valor de retorno de la función en turno. En tu caso basta con:

puts("Listado completo:");
while (fread(&est, sizeof est, 1, ptrEst) == 1)
   printf(" %d - %s \n", est.matricula, est.nombre);

Un saludo

Correcto. La función fread retorna el numero de elementos leídos con éxito y este valor sera igual o menor al tercer argumento de la función (en tu caso y en resumen 1 ==> lectura exitosa, 0 ==> error o fin de archivo).

Un saludo