Si no estas usando UNICODE, podes usar el miembro c_str de string:

string array[]={"name1","name2"};
 
for(i=0;i<2;i++)
cout<<FindWindow(NULL, array[i].c_str());

Si usas UNICODE, el problema con lo anterior es que no podes usar el miembro c_str, pero igual podes usar wstring para hacerlo:

wstring array[]={L"name1",L"name2"};
 
for(i=0;i<2;i++)
cout<<FindWindow(NULL, array[i].c_str());

Igual podes no usar stl strings en absoluto, pero habría que ver el proyecto en general.

Saludos!

Como poder, podrias. Y no, no alentaría el proceso original, pero el problema principal es que no va a cumplir con el objetivo correctamente. Es decir, partamos de la base que el titulo de una ventana no es la mejor forma de descubrir si una aplicacion esta siendo ejecutada. Como mínimo, deberías enumerar los procesos para ver si el Cheat Engine se encuentra o no, pero eso tampoco seria suficiente.
Hay muchas formas de verificar si una aplicacion esta o no esta corriendo. En el caso del Cheat Engine, podes verificar si el driver que utiliza esta cargado.

Igualmente si tu idea es proteger tu aplicacion de cualquier modificación, la única forma eficiente y segura de hacerlo es desde modo kernel.

Saludos!