El detalle es: los caracteres '\n' y '\0' no se almacenan en las ultimas posiciones del array sino justo después del texto ingresado. Siguiendo tu ejemplo al introducir "Hola" los caracteres en el array son:
A continuación strlen te devuelve el numero de caracteres sin contar el '\0', en este caso son cinco y la asignación sobrescribe el carácter '\n' con un '\0' resultando en:
Con ello el primer '\0' marca el final de la cadena.

Un saludo

No es que la cadena posea dos '\0', pues sólo el primero cuenta. Para poner un ejemplo imagínate que tienes:

'h' 'o' 'l' 'a' '\0' '\0' '\0' '\0' '\0'

entonces el primer '\0' encontrado marca el fin de la cadena, que es "hola" y su longitud es 4.

En el ejemplo que dices, si conviertes

'h' 'o' 'l' 'a' '\n' '\0'

en

'h' 'o' 'l' 'a' '\0' '\0'

entonces haces una cadena "más corta", y pasa de tener 5 caracteres a tener 4.

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EDITO

Sólo por comentar, aunque no se si me estoy extendiendo en el tema. El código que propones se puede optimizar eliminando la sobrecarga por llamar dos veces a la función strlen() (aunque un usuario me dijo que los compiladores modernos saben cómo evitar este problema). Una manera es por supuesto depositar el valor de la longitud de la cadena en una variable intermedia:

int len = strlen(cadena);
if(cadena[len-1] == '\n'{
   cadena[len-1] = '\0'
}

O incluso otra forma "autoconstruida", donde no se llama a ninguna función de biblioteca:

for ( i = 0; cadena[i] != '\0'; i++ )
   if ( cadena[i] == '\n' ) cadena[i] = '\0';

o:

char c;
int i = 0;
while ( (c = cadena[i]) != '\n' && c != '\0' )
   i++;
if ( c == '\n' ) cadena[i] = '\0';