Podrías leer directamente desde el flujo de entrada de tu programa
esto lo consigues simplemente haciendo

File *fichero;
fichero = stdin; 
 

a partir de alli puedes hacer cualqueir cosa que harias con un fichero , por ejemplo el
siguiente programa redirige la salida de dir al programa y le agrega una doble linea entre impresión e impresión

#include <stdio.h>
#define MAX 50
 
int getLine(FILE *fichero , char s[], int lim){
	int c, i;
 
	i=0;
	while(--lim > 0&&(c=fgetc(fichero))!=EOF && c!='\n')
		s[i++] = c;
	if(c=='\n')
		s[i++] = c;
	s[i]='\0';
	return i;
}
 
int main(){
	FILE *fichero;
	fichero = stdin; 
	char linea[MAX];
 
		while((getLine(fichero , linea , MAX)) > 0){
			printf("\n=======================================================");
			printf("%s", linea); // imprime las lineas que encuentra en el flujo de entrada !
		}  
}
 

haciendo esto lo que podrias hacer es
comando | nombrePrograma

ya me dirás algo ....

de echo no tienes ni que declarar la variable fichero podrías hacer lo sigueinte y seguiria funcionando

while((getLine(stdin , linea , MAX)) > 0)