Bueno a la rápida como no indicas el SO que usas y para no complicarte mucho puedes usar algo así:
http://www.teuniz.net/RS-232/Solo hay que modificar void RS232_cputs para que mande solo un carácter.
Antes arduino tiene que estar programado para recibir dicho carácter y la función que va realizar.
Modificando el ejemplo de esa página se puede hacer de este modo:
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#ifdef _WIN32
#include <Windows.h>
#else
#include <unistd.h>
#endif
#include "rs232.h"
int main()
{
int i=0,
cport_nr=3, /* /dev/ttyS0 (COM1 on windows) */
bdrate=9600; /* 9600 baud */
char mode[]={'8','N','2',0}, str[2];
str[0]='a'; //prender LED
str[1]='z'; //apagar LED
if(RS232_OpenComport(cport_nr, bdrate, mode))
{
printf("Can not open comport\n"); return(0);
}
while(1)
{
RS232_cputs(cport_nr, str[0]);
#ifdef _WIN32
Sleep(3000);
#else
usleep(1000000); /* sleep for 1 Second */
#endif
RS232_cputs(cport_nr, str[1]);
i++;
if(i>2) break;
}
return(0);
}
Solo necesitas modificarlo a tu proyecto.