Cuenta el número de lineas vacías.
Si al final no colocas una linea vacía, suma 1.

Las 2 mejores opciones que tienes son: o utilizar siempre ifstream::get(), y si es \n sumas uno al contador, sin más, en un bucle; o utilizar getline y ver si la linea que lee está vacía. Ese código está bastante liado.

Además:

if (c!='\n');
else
{
}
 

Es equivalente a:

if (c=='\n'){
}
 

Y es más natural y legible esta última forma.