Hola lo que estoy intentando no es el majeno de archivos, ficheros, lo que estoy intentando es ejecutar un programa con código, no se si me entienden es como si le diera doble click encima de este para poder usarlo
No dices para que sistema operativo, así que supongo que se trata de Windows. Tienes 3 funciones de la API de Windows para ejecutar un programa: CreateProcess, WinExec y ShellExecute. En msdn tienes mucha información sobre ellas y como utilizarlas.
Otra opción es utilizar la función de C system(), que se encuentra en stdlib.h.