Estas devolviendo una dirección de la pila que ya se ha liberado. output, de la función center, es un array y por tanto se dimensiona como variable local perteneciente a dicha función. Cuando la función termina la pila decrece y buffer, que apuntaba al inicio del array, ahora apunta a una dirección de la cual no tienes control.

Si quieres devolver esa cadena debes generarla en el montón (heap) y de esta forma va a persistir. Y sí, si eliminas esa línea del \0, tendrás cosas raras porque strcat busca ese carácter para empezar a copiar la cadena origen.

Igualmente, como has generado la cadena con malloc, debes liberarla con free.

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>
 
char* center(int, char, char *);
 
int main() {
    char* pstr = center(30, '*', "hola");
    printf("Value: %s\t Address: %p\n", pstr, pstr);
    free(pstr);
}
 
char* center(int width, char fc, char* str) {
    char* buffer = malloc((width+1) * sizeof(char));
    int   cc = 0, n = 0;
 
    cc = strlen(str);
    n = (width - cc) / 2;
 
    for(int i = 0; i < n; ++i)
        buffer[i] = fc;
    buffer[n] = '\0';
 
    strncat(buffer, str, cc);
 
    for(int i = strlen(buffer); i < width; ++i)
        buffer[i] = fc;
    buffer[width] = '\0';
 
    return buffer;
}

Ok, pero sí, también tenías ese problema con el retorno, aunque aparentemente te funcionara el programa.