Hola tienes varias formas,

Esta es 1:

 CopyFile( "C:\\Origen\\archivo", "C:\\Dest\\archivo", TRUE  ) ;

Funciona bien con los archivos de texto,pero nunca lo he probado con otros archivos.

Esta la leí por ahí y no se si funcionara,es con la API de windows:

BOOL WINAPI CopyFile(
LPCSTR lpExistingFileName, // Origen del fichero
LPCSTR lpNewFileName, // Destino del fichero
BOOL bFailIfExists // Si existe destino abortar ?
);

O prueba llamando al sistema:

system("copy tal file" "en tal sitio");
system("del archivo primero)"

Lo primero copiaria y lo segundo con el del borraria el primer archivo.Hace mucho que no doy batch por lo que la estructura dentro del paréntesis podría no ser correcta)

Comentanos como te fue.

Salu2