int cantidad;
int arreglo1[cantidad];

Nunca, pero nunca crees un vector fijo sin previamente asignarle un valor. Si vas a trabajar con C puro tenés que crearlo dinámicamente con malloc/calloc y finalmente liberar la memoria con free, en su defecto si utilizás C++ podés utilizar new/delete o vectores dinámicos con el template de vector de la standard template library

int arreglo2[5];
 
for(i=0;i<cantidad;i++){
	for(j=0;j<5;j++){
		printf("\nIngrese el elemento %d de su conjunto %d: ",j+1,i+1);
		scanf("%d",&arreglo2[j]);
	}
}
printf("Tus conjuntos son: )");
for(i=0;i<cantidad;i++){
	printf("\nconjunto %d",arreglo1[i]);
	for(j=0;j<5;j++){
		printf("\t%d",arreglo2[j]);
	}
}

El tema es que siempre vas a tener lo últimos 5 valores porque no creaste los elementos por conjuntos, sinó que creaste 5 elementos únicamente y los sobreescribís en el primer for anidado con el for...

Ahora si comencemos: ¿Cada conjunto debe tener sus propios 5 elementos verdad?

typedef struct conjunto_s
{
    int m_iElementos[5];
}conjunto_t;

Si se puede usar C++ en este caso yo recomiendo utilizar la plantilla de vectores de la standard template library que permite crear vectores dinámicos facilmente:

#include <vector>
std::vector<conjunto_t> vConjuntos;

Luego creamos un conjunto temporal para ir guardando cada conjunto y añadirselo al vector de conjuntos:

conjunto_t conjuntoTemporal;

Para añadir usamos la función push_back que lo pone al final del vector y cuando terminamos el programa usamos clear.

Ejemplo del programa finalizado:

#define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS
#include <cstdio>
#include <vector>
 
typedef struct conjunto_s
{
    int m_iElementos[5];
}conjunto_t;
 
int main()
{
    int iCantidadConjuntos = -1;
    int iIndiceConjunto, iIndiceElemento;
    std::vector<conjunto_t> vConjuntos;
    conjunto_t conjuntoTemporal;
 
    while (iCantidadConjuntos <= 0)
    {
        printf("\nCuantos conjuntos?: ");
        scanf("%d", &iCantidadConjuntos);
    }
 
    printf("\nHas elegido trabajar con %d conjuntos procederemos a ingresar los elementos de sus conjuntos", iCantidadConjuntos);
    for (iIndiceConjunto = 0; iIndiceConjunto < iCantidadConjuntos; iIndiceConjunto++)
    {
        for (iIndiceElemento = 0; iIndiceElemento < 5; iIndiceElemento++)
        {
            printf("\nIngrese el elemento %d de su conjunto %d: ", iIndiceElemento + 1, iIndiceConjunto + 1);
            scanf("%d", &conjuntoTemporal.m_iElementos[iIndiceElemento]);
        }
        vConjuntos.push_back(conjuntoTemporal);
    }
 
    printf("Tus conjuntos son: ");
    for (iIndiceConjunto = 0; iIndiceConjunto < vConjuntos.size(); iIndiceConjunto++)
    {
        printf("\nconjunto %d", iIndiceConjunto);
        for (iIndiceElemento = 0; iIndiceElemento < 5; iIndiceElemento++)
            printf("\t%d", vConjuntos[iIndiceConjunto].m_iElementos[iIndiceElemento]);
    }
 
    vConjuntos.clear();
    return 0;
}

Como medida final te recomendaría renombrar todas las variables con un nombre más adecuado...


B#