Nota incial: Para el código, usa las etiquetas GeSHi, gracias.

void split(char *s[], char *c1[], char *c2[], char *car){
   if (strstr(s[60], car)){
      char aux=s-strlen(strstr(s[60], car));
      strcat(c1[60], aux);
      strcat(c2[60], (strchr(s[60], (strlen(car)+1))));
   }
}

'strstr' devuelve el puntero a la primera aparición de 'car'... si reutilizases ese valor tendrías medio trabajo hecho...

Una cosa que no entiendo es por qué tienes 's[60]' en el strstr, en el strlen, en... eso está mal.

void split(char *s[], char *c1[], char *c2[], char *car){
   if (strstr(s, car)){
      char aux=s-strlen(strstr(s, car));
      strcat(c1, aux);
      strcat(c2, (strchr(s, (strlen(car)+1))));
   }
}

De primeras no se si así funcionará... no puedo compilar ahora, pero al menos pasas punteros a las funciones en vez de valores que no tienen ningún sentido.

El tamaño de los arrays solo hay que ponerlo, salvo que se me olvide algún caso concreto, en las siguientes circunstancias:

* Cuando los declaras en el stack (es decir, no usas memoria dinámica):

char cadena[200];

* Cuando pasas un array multidimensional ubicado en el stack como parámetro de una función:

void procesarMatriz( int matriz[10][20] );

Cuando usas un arreglo, una vez creado, el compilador ya sabe qué es lo que está manejando... no necesitas recordárselo cada dos líneas. Además que tu código es peligroso:

char cadena[4];
strcpy( cadena, "abc" ); // Ok
 
printf( "%c %c %c", cadena[ 0 ], cadena[ 1 ], cadena[ 2 ] );

Fíjate que al pasar el índice recupero uno de los elementos del arreglo... funciones como strstr, strcpy... necesitan un puntero que indice dónde deben empezar a leer / escribir... si en vez de eso les pasas otra cosa acabarán escribiendo en zonas de memoria que no te corresponden y el programa, en el mejor de los casos, fallará estrepitosamente.

En el ejemplo que te he puesto, si hubieses puesto

strcpy( cadena[4], "abc" );

Estarías indicando que quieres que se copie en la dirección apuntada por el cuarto elemento de cadena, la secuencia "abc"... puedes acabar escribiendo en cualquier parte de la memoria por error.

Si no eres capaz de entender lo que intento explicarte no te asustes, eso únicamente quiere decir que deberías comprarte un buen libro de C y seguirlo desde el principio antes de continuar con este tipo de prácticas... los inicios en la programación nunca son fáciles.