Recorre solamente la primera fila, no entiendo por que sale del ciclo, debería recorrer 12 filas (del elemento 0 al 11 del arreglo), la matriz se paso inicializada en cero (el numero no deberia estar y deberia recorrer toda la matriz).

reg.cantEl es 3072
reg.cantFIl es 12
reg.cantCol es 256

Edito: Me acabo de dar cuenta, me pasa por usar mucho el for  

Si algún mod lo ve pueden eliminarlo si quieren, ya esta solucionado...

/* Busca un entero en una matriz de enteros cargando en los parámetros
   actuales la posición tanto de columna como de fila del elemento que
   contiene el entero. */
void BusqNumArr(TData reg, int* NFil, int* NCol, int num)
{
  int i = 0, j , cont = 0;
 
 
 
  while((i<reg.cantFil) && (reg.a[i][j] != num) && (cont < reg.cantEl))
  {
     j = 0;  //Faltaba esta linea...
    while((j<reg.cantCol) && (reg.a[i][j] != num) && (cont < reg.cantEl))
    {
      printf("\n%d\n", i);
      j++;
      cont++;
      printf("\n%d\n", cont);
    }
    i++;
  }
 
  if(reg.a[i][j] == num)
  {
    *NFil = i;
    *NCol = j;
  }
  else
  {
    *NFil = -1;
    *NCol = -1;
  }
 
}