bool iguales = true;
for(int i = 0; i < filas && iguales; ++i){
  for(int j = 0; j < columnas && iguales; ++j){
    iguales = (matriz1[i][j] == matriz2[i][j]);
  }
}
 
if(iguales)
  cout << "Las matrices son iguales" << endl;
else
  cout << "Las matrices no son iguales" << endl; 

• No utilizar un char[] para guardar la respuesta. Si solo es un carácter, usa un char.
• Para comparar varias cadenas char[] es mejor usar strncmp() que strcmp(). La primera permite indicar la cantidad de caracteres a comparar.
• C++ tiene la ventaja de las variables tipo <string>. Úsalas y te ahorrarás quebraderos de cabeza con char[].
• Declara el tamaño de las matrices como constantes. Así podrás modificar su tamaño modificando el valor en un único lugar.

// cabeceras...
const int FILAS = 3;
const int COLUMNAS = 3;
 
int main(){
  int matriz[FILAS][COLUMNAS];
  //...
} 

• Para pedir los valores al usuario, utiliza un bucle. Así valdrá para cualquier tamaño y te ahorras las variables auxiliares:

for(int i = 0; i < FILAS; ++i){
  for(int j = 0; j < COLUMNAS; ++j){
    cout << "Introduce el valor M[" << i << "][" << j << "]: ";
    cin >> matriz[i][j];
  }
} 

#define MAX_ENTRADAS 20 // Numero maximo de entradas por teclado
#define MAX_LONGITUD 50 // Longitud maxima de cada entrada
 
int main(){
  char matriz[MAX_ENTRADAS][MAX_LONGITUD];
} 

#define SIZE 100
//...
char entrada[SIZE];
fgets(entrada, SIZE, stdin);
if(entrada[strlen(entrada)-1] == '\n') // el ultimo caracter siempre es '\0'. Entonces si el anterior es un salto de linea '\n'...
  entrada[strlen(entrada)-1] = '\0'; // ... le pones el fin de cadena uno antes para eliminar el '\n'
 

 strncmp(matriz[n], "exit\n", strlen(matriz[n])) 

while(n < MAX_ENTRADAS && fgets(matriz[n], MAX_LONGITUD, stdin) && strncmp(matriz[n], "exit\n", strlen(matriz[n]))){
    if(matriz[n][strlen(matriz[n])-1] == '\n')
        matriz[n][strlen(matriz[n])-1] = '\0';
    ++n;
} 

• Incluir los archivos de cabecera necesarios:

#include <iostream> // Para entrada y salida de datos: cout / cin
#include <fstream> // Para flujos de entrada (ifstream) y salida (ofstream)
#include <cstdlib> // Para la funcion exit() y la constante EXIT_FAILURE
 
using namespace std; 

• Abrir el flujo de salida:

string nombreFichero = "salida.txt";
ofstream fichero(nombreFichero); 

• Comprobar que se ha abierto correctamente:

if(!fichero){
  cout << "Error al abrir el fichero: " << nombreFichero << endl;
  exit(EXIT_FAILURE);
} 

• Guardar los datos que quieras en el fichero:

for(size_t i = 0; i < filas; ++i){
  for(size_t j = 0; j < columnas; ++j){
    fichero << matriz[i][j] << "  ";
  }
  fichero << endl;
} 

• Cerrar el flujo:

 fichero.close(); 

for(int i = 0; i < FILAS * COLUMNAS; ++i){
  cout << "Fila: " << i / COLUMNAS << " - Columna: " << i % COLUMNAS << endl;
} 

PARA i := 1 HASTA filas * columnas - 1 INCREMENTO 1 HACER
  PARA j := 0 HASTA filas * columnas - 2 INCREMENTO 1 HACER
    SI M[j / columnas][j % columnas] > M[(j+1) / columnas][(j+1) % columnas] ENTONCES
      swap(M[j / columnas][j % columnas], M[(j+1) / columnas][(j+1) % columnas])
    FIN SI
  FIN PARA
FIN PARA 

for(int i = 1; i < filas * columnas; ++i){...}
for(int i = 1; i <= filas * columnas - 1; ++i){...} 

SI (operacion == operacion_max) ENTONCES
  indice := 0
  MIENTRAS indice < vectorX.size() and !encontrado HACER
    SI vectorX[indice] == x ENTONCES
      encontrado = (vectorY[indice] == y)
    FIN SI
    indice := indice + 1
  FIN MIENTRAS
  SI !encontrado ENTONCES
    vectorX.push_back(x)
    vectorY.push_back(y)
  FIN SI
FIN SI 

class Punto {
  private:
    int x;
    int y;
  //...
} 

for(int i = 0; i < orden; ++i){
  matriz[i][i] = 1;
} 

#DEFINE SIZE 100 // Usa constantes para los numeros que aparezcan sueltos. Asi puedes cambiarlos todos de una vez
//...
int main(){
  //...
  int diagonal[SIZE];
  //...
  for(int i = 0; i < orden; ++i){
    diagonal[i] = matriz[i][i];
    matriz[i][i] = 1;
  }
  //...
}