Prueba así:
from distutils.core import setup
import py2exe
setup( name="Leviathan",
version="0.1(beta)",
description="Archivo datos estudiantiles y calculo promedios",
author="Maria Gabriela",
license="open source",
scripts=["leviathan.py"],
console=["leviathan.py"],
options={"py2exe": {"bundle_files":1}},
zipfile=None
)