Lo suyo es investigar que entorno de escritorio tiene utilidades para manejar multiples monitores y pues configurar tus dispositivos correctamente.
Durante la instalación de Debian se puede elegir el entorno de escritorio preferido.
Claro que por lo general puedes bajarte software reciente, compilarlo e instalarlo tu mismo... solo que es un poco más trabajo que tu distro debería estar haciendo por ti.
Me gustaría probar a hacerlo.
¿Qué software me recomiendas utilizar?