Ufff, vaya lio mental llevas con los discos.
La posición del HDD, cuando trabajas con él, o lo formateas, es intranscendente, puedes tenerlo en la posición que te apetezca.
No se le abra borrado el firmware
El Firmware de un HDD, NO se inserta en el disco en sí, sino en los chips de la PCB, por lo que con un formateo no te lo puedes cargar.
Suelo formatear con la herramienta HDD LLF de HDDGuru
Pues no deberias......para formatear debes hacerlo con las herramientas normales, el LLF debe usarse solo cuando no hay más remedio, demasiados formateos seguidos con LLF acabaran con tu HDD.
Deberias leer más sobre el tema.
Salu2.