Pfff, no me he acabado de enterar lo que explicas, pero bueno, te dejo el link a mi Host para que te descargues el Gparted, es una ISO, la quemas y arrancas con dicho programa con el pen conectado, si Gparted lo detecta lo veras en pantalla y te dejará formatearlo.
http://uploadingit.com/file/bzmnobepz0ycmyiv/gpartedcd.iso
Si con este programa no lo logras, dudo que puedas salvarlo.
Salu2.