Hola, si tienes instalada la versión 2.0, deberias desinstalarla primero, hay una herramienta para ello, y despues instalar el 3.5 SP1 que te los instalará todos.....
¿Se me olvida algo importante y por eso no funciona?
Para que funcione tu maquina debes instalar de nuevo el Windows yá que el hardware es distinto, incluido el Chipset.
Deberas poner una grabadora SATA porque la solución de la placa PCI no te servirá para arrancar, porque esa placa funciona una vez iniciado el Sistema Operativo, no antes.