Bueno entonces te corrijo el código: 

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>
#include <ctype.h>
#include <windows.h>
 
int tableroNumerico[6][6];// aqui va a estar el tablero numerico original
int tableroNumerico2[6][6];//aqui va a estar el tablero desordenado
char tableroFigura[6][6];//aqui va a estar el tablero con la figura original
char tableroFigura2[6][6];//aqui va a estar el tablero desordenado
int repetidos[36];//este vector es para revisar los numeros repetidos en el rand
 
int generarNumero(int *c)
{
 int numero;
 bool distinto=false; 
 
    while(distinto==false)
    {  
 
        int cont=0;
        numero=rand()%35+1;
 
        for(int i=0; i<36; i++)
        {
            if(repetidos[i]==numero)
                cont++;
        }
        if(cont==0)
        {
            distinto=true; 
            repetidos[*c]=numero;
        }
 
    }   
 return numero;   
}
 
void llenarTablero(char t)
{ 
 
    int cont=0;
    int aux=0;  
    if(t=='f')
    {
 
    }
    else 
    {
        for(int i=0; i<6; i++)
            {
             for(int j=0; j<6; j++)
             {
                if(i==0 && j==5){
 
                    tableroNumerico2[i][j]=0;
                    repetidos[i*j] = 0;
                }
                else
                    {
                     aux=generarNumero(&cont);
                     tableroNumerico2[i][j]=aux;
                    }
                cont++;        
              }
            }    
    }   
}
 
void mostrarTablero(char t) //Aqui imprimo el tablero despues de cada movimiento
{
    if(t=='f')
    {
 
    }
    else
    {
        for(int i=0; i<6; i++)
            {
             for(int j=0; j<6; j++)
                {
                 if(tableroNumerico2[i][j]==0)
                    printf("[  ]");
                  else 
                    printf("[ %i ]", tableroNumerico2[i][j]);   
                }  
                printf(" \n");     
            }
    }
}
main()
{
 
	srand(time(NULL));//Cambio el seed con el tiempo de ese momento.
  for (int i=0; i<36; i++)
    repetidos[i] = 999;    //cualquier numero que este fuera del intervalo  [0 - 35]
 
  char tipoTablero='n';
  llenarTablero(tipoTablero) ;
  mostrarTablero(tipoTablero);
  system("pause");
}
 

Debes hacer que el método srand se ejecute solo una vez al principio del programa en el método main, ahí en dónde lo pusiste hace que el número aleatorio generado se repita varias veces; 23 23 23 23 23 11 11 11 11 33 33 33 33.

Otro detalles es que generas un número aleatorio de 34 posibles, y como tienes una matriz de 36 elementos es normal que falte 2 números más para que se pueda llenar la matriz sin que ninguno se repita.

Cuidado con esto:

for (int i=0; i<35; i++)
    repetidos[i]=0;

Te estás pasando del tamaño del vector  

Entonces genera una matriz ordenada y luego desordenala. Será mas fácil.

Edito:
Crea un vector de tamaño 36 con valores de 0 a 35, desordenalo y luego lo transformas a la matriz.

No se exactamente que es lo que quieres, pero ... ¿Por que no inicias la matriz con los números ordenados y luego la desordenas?

ya vi el error el segundo for dentro de la funcion llenar no  tiene incremento en el contador y el segundo for dentro del main no tiene llaves.

Saludos

Hola no se como estes llamando a la funcion pero el main deberia de quedar asi:

main()
{
 char nombre[20];
 printf("Candy Crush!\n");
 system("pause");
 printf("Ingrese su nombre: \n");
 scanf("%s", nombre);
 printf("REGLAS:\n -Bienvenido al juego Candy Crush! a continuacion se explicaran las regalas del juego \n-Juego e un jugador\n-Se cuenta con un tablero de 9x9 con cada espacio relleno con gelatina\n-El tablero estara repleto de 6 tipos distintos de caramelos\n-El objetivo del juego es unir los caramelos en filas de 3 o 4 para eliminar las gelatinas en los espacios en los que se unan los caramelos\n-Si se unen 4 caramelos del mismo color se creara un caramelo rayado que al usarse elimina una fila o columna de gelatina\n-Tienes 40 movimientos para eliminar todas las gelatinas\n-Suerte!\n");
//Aqui llama a la funcion
 for(int i=0; i<9; i++)
 {
  for(int j=0; j<9; j++)
   printf("       %i ", tablero[i][j]);
   printf("\n");
 }
 
 
}

Saludos!

Hola.

Segun veo en ningun momento llamas a la funcion llenartablero()

La otra es que hubieras continuado el tema en el post que abristes hace algunos días.

Saludos