Bueno entonces te corrijo el código: 
Mil gracias, no lograba salir de este problemita jajaja 
Código
#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <time.h> #include <ctype.h> #include <windows.h> int tableroNumerico[6][6];// aqui va a estar el tablero numerico original int tableroNumerico2[6][6];//aqui va a estar el tablero desordenado char tableroFigura[6][6];//aqui va a estar el tablero con la figura original char tableroFigura2[6][6];//aqui va a estar el tablero desordenado int repetidos[36];//este vector es para revisar los numeros repetidos en el rand int generarNumero(int *c) { int numero; bool distinto=false; while(distinto==false) { int cont=0; numero=rand()%35+1; for(int i=0; i<36; i++) { if(repetidos[i]==numero) cont++; } if(cont==0) { distinto=true; repetidos[*c]=numero; } } return numero; } void llenarTablero(char t) { int cont=0; int aux=0; if(t=='f') { } else { for(int i=0; i<6; i++) { for(int j=0; j<6; j++) { if(i==0 && j==5){ tableroNumerico2[i][j]=0; repetidos[i*j] = 0; } else { aux=generarNumero(&cont); tableroNumerico2[i][j]=aux; } cont++; } } } } void mostrarTablero(char t) //Aqui imprimo el tablero despues de cada movimiento { if(t=='f') { } else { for(int i=0; i<6; i++) { for(int j=0; j<6; j++) { if(tableroNumerico2[i][j]==0) printf("[ ]"); else printf("[ %i ]", tableroNumerico2[i][j]); } printf(" \n"); } } } main() { srand(time(NULL));//Cambio el seed con el tiempo de ese momento. for (int i=0; i<36; i++) repetidos[i] = 999; //cualquier numero que este fuera del intervalo [0 - 35] char tipoTablero='n'; llenarTablero(tipoTablero) ; mostrarTablero(tipoTablero); system("pause"); }


