encontre la solucion en tratarlo como string y pasarlo a byte despues de la division.. hice este code para probarlo (uso demasiadas variables pero si queres ahorrar memoria fijate vos..)
Private Sub Form_Load()
Dim nFile As Integer
Dim Contenido As String
Dim ContenidoMedio() As String
Dim ContenidoFinal() As Byte
Contenido = "asdasdsadSEPARADOR123456"
ContenidoMedio = Split(Contenido, "SEPARADOR")
ReDim ContenidoFinal(Len(ContenidoMedio(1)))
ContenidoFinal() = ContenidoMedio(1)
MsgBox ContenidoFinal
End Sub
y adaptado a tu code seria algo asi..
Dim nFile As Integer
Dim Contenido As String
Dim ContenidoMedio() As String
Dim ContenidoFinal() As Byte
nFile = FreeFile
Open ruta For Binary As #nFile
Contenido = Input(LOF(Free), #Free)
Close #nFile
ContenidoMedio = Split(Contenido, "SEPARADOR")
ReDim ContenidoFinal(Len(ContenidoMedio(1)))
ContenidoFinal() = ContenidoMedio(1)