Lo que podrías hacer, es usar Nircmd.exe para automatizar las acciones.
Descarga Nircmd.exe de :
http://nirsoft.net/utils/nircmd.zip
Lo dejas en la misma carpeta que el batch que usaremos:
:: "Datos_aqui" es el titulo de la ventana de tu programa
nircmd win activate ititle "Datos_aqui"
:: Envio el numero 3 a la ventana
nircmd sendkey 3 press
nircmd sendkey enter press
:: Etc.
Lo que hará el codigo es que traerá al frente la ventana de tu programa, luego en el se mandarán las teclas deseadas y luego el Enter, para pasar a lo que sigue.
Y asi sucesivamente.
Saludos.