Esto me funciona:
@echo off
setlocal enabledelayedexpansion
for /f %%_ in (a.txt) do (type "b.txt" | findstr /r "^%%_$" > nul 2>&1 && (for /f "tokens=*" %%# in ('type "b.txt" ^| findstr /r /i "^%%_$" ^| find /v /c ""') do (if %%# equ 1 (echo %%_ >> final.txt))))
C:\Users\leo\batch>type a.txt
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C:\Users\leo\batch>type b.txt
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C:\Users\leo\batch>code
C:\Users\leo\batch>type final.txt
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C:\Users\leo\batch>
PD: Varias sentencias en una sola línea es mala ingeniería de software, no hagan lo que hice.