• Al cargar el form carga las rutas de los checkbox guardados
• Lista los subdirectorios en D:\Tools (solo un ejemplo, ahora lo cambié a test)
• Crea un form con checkbox y sus paths
• Al dar click en un checkbox muestra el path correspondiente
• Al cerrar el form vuelve a guardar las rutas

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.ComponentModel;
using System.Data;
using System.Drawing;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Windows.Forms;
using System.IO;
using System.Xml.Serialization;
 
namespace WindowsFormsApplication1
{
    public partial class Form1 : Form
    {
        public Form1()
        {
            InitializeComponent();
        }
 
        private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
        {
            List<string> savedPath = GetSavedPaths();
            DirectoryInfo folder = new DirectoryInfo(@"D:\Tools\");
            DirectoryInfo[] subFolders = folder.GetDirectories();
            int top = 10;
            foreach (DirectoryInfo subFolder in subFolders)
            {
                CheckBox c = new CheckBox() { Left = 20, Top = top, AutoSize = true, Text = subFolder.FullName};
                c.Checked = savedPath.Contains(subFolder.FullName);
                c.CheckedChanged += new System.EventHandler(this.checkBox_CheckedChanged);
                top += 20;
                this.Controls.Add(c);
            }
        }
 
        private void SavePaths()
        {
            List<string> paths = new List<string>();
 
            foreach (Control c in Controls)
                if (c is CheckBox && ((CheckBox)c).Checked)
                        paths.Add(c.Text);
 
            using (StreamWriter sw = new StreamWriter("setting.xml"))
            {
                XmlSerializer serializer = new XmlSerializer(typeof(List<string>));
                serializer.Serialize(sw, paths);
                sw.Flush();
            }
        }
 
        private List<string> GetSavedPaths()
        {
            List<string> paths;
 
            try
            {
                using (StreamReader sr = new StreamReader("setting.xml"))
                {
                    XmlSerializer serializer = new XmlSerializer(typeof(List<string>));
                    paths = (List<string>)serializer.Deserialize(sr);
                }
            }
            catch
            {
                paths = new List<string>();
            }
 
            return paths;
        }
 
        private void checkBox_CheckedChanged(object sender, EventArgs e)
        {
            MessageBox.Show(((CheckBox)sender).Text);
        }
 
        private void Form1_FormClosing(object sender, FormClosingEventArgs e)
        {
            SavePaths();
        }
    }
}
 

• Seleccionas un directorio
• Listas todos los subdirectorios
• Creas un checkbox por cada subdirectorio
• ¿Para que son las settings?