te recomiendo usar el debugger del navegador, no es para nada complicado, seguro puedes conseguir un tutorial de como usar tu debugger (y si no sabes que es un debugger recomiendo primero leer una explicación de que son y como funcionan)
for (var i=0; i<a.length; i++){//i inicia en 0
a[i]=parseInt(prompt("Introduzca numero",' '));
document.write (a[i]+ " ");
}
//actualmente i es igual a a.length porque fue la condicion de romper el for
while (i<a.length && existe==0){ //i es igual a a.length, y como no ambas partes se cumplen se salta
if (x==a[i])
{
existe=1;
auxp=i;
}
else {i++;}
}