si lo que quieres hacer es unir todo en una especie de archivo contenedor, lo primero que debes armar es el arbol de directorio... te armas una estructura donde esté el arbol desde la capeta princial sus ramas,etc... y cada archivo con su tamaño...
luego hacer un indice de archivos donde digas de donde a donde va un archivo y cual es su nombre, así hasta el final... y listo ... para manipular archivos en binario, google te puede enseñar