el tamaño de los archivos no es el mismo kuando estan enkriptados???
Generalmente aumenta el tamaño al encriptarlo.
Lo que puedes acer es cargas el ejecutable entero en menoria en una variable, le encriptas y le guardas encriptao.
Y para leerle le lees encriptao en una variable, le desencriptas y le extraes a un archivo.
Salu2