Tendrás que determinar como harás la extracción de las subcadenas para asignarle luego el valor correspondiente a la matriz, por ejemplo, luego de obtener el contenido del archivo, puedes usar el split para separarlo por líneas y asignar los valores resultantes o separarlo por cualquier caracter, como gustes.
El manejo de archivos se ha tratado varias veces, usa el buscador, lo demás es pan comido