Aunque no crea un zip propiamente tal, la compresión es similar:
makecab /d CompressionType=MSZIP /d FolderSizeThreshold=1 archivo.ext
Y esto no lo digo yo, lo dice: Microsoft MakeCAB User’s Guide
Using MSZIP compression and FolderSizeThreshold=1 will generate a cabinet file approximately the same size as a PKZIP-compatible compression engine
aunque /d CompressionType=MSZIP está demás, porque es una de las opciones por defecto.