Hay programas adicionales para windows que permiten tanto lectura como escritura en volúmenes tipo ext2 y ext3. Para ext4 no lo he probado.
Uno de los que use/o es Ext2IFS que soporta ext2 y ext3. Si han comprometido tu Windows es posible también que hayan modificado algo de tu Linux aunque como dijeron mas arriba es poco probable.
Saludos