El "malware" al parecer solo afecta a las redirecciones 404. Archivos normales funcionan bien.
http://www.wilboradalibros.com.ar/readme.html
Me he fijado que existe un index.php pero esta vacio. Podrías mirar a ver si tiene algo sospechoso ? Aparte, intenta buscar algún archivo que tenga error404 o 404 o algo así en el nombre.. si existe, muestra a ver cual es su contenido.
PD: Las urls ponlas entre etiquetas geshi para evitar que otros usuarios las visiten sin querer.
Edit:
http://www.wilboradalibros.com.ar/wp-login.php
Lanza errores PHP que dicen que no puede modificar los headers. Apunta a la linea 154 en /wp-includes/functions.wp-scripts.php
Saludos