Aunque deshabilites el hardware, o el puerto, o lo que quieras deshabilitar, en realidad sólo estás deshabilitando la transmisión de datos, pero seguirá teniendo corriente eléctrica y seguirá prendida.

Si quieres apagarla sólo tienes dos opciones, o apagar la fuente (apagar la PC) o desenchufar la CAM.  

En fin, que yo sepa es imposible, mas que nada porque un puerto USB se alimenta directamente desde la placa base, de una de las lineas de 5v, y tu no puedes controlar el voltaje que le otorgas a un puerto USB. Pero si encuentras una solución, postéala porque seguro que a todos nos hace falta.

Si te decides por lo q dice ckMC, te puedo decir como deshabilitar y volver a rehabilitar el hardware con UN SOLO CLICK (En un batch).

Saludos.

¿Qué sistema operativo tienes instalado? Puedes desabilitar el puerto usb desde Mi PC o Equipo (dependiendo del sistema operativo). Click al botón derecho del ratón sobre Mi PC, Administrar, buscas lo de Administrador de Dispositivos y ahí buscas el puerto USB. Lo deshabilitas y listo.

Te he dado los pasos en Win 7, si tienes el XP los pasos son similares pero tal vez las cosas tienen nombre diferente (no lo recuerdo).

Pensé que era Shell-root