No entendí muy bien lo que hizo MinusFour. Es decir,
.. en la función do_mysql_queries, en la variable $sql(1|2|3|4) se ponen las querys que se van a ejecutar.
.. en la función undo_mysql_queries, en la variable $undoQuery(1|2|3|4), las querys para devolver los cambios efectuados?

No lo veo muy cómodo que digamos.

Simón, o tal vez se podría realizar, pero generando tablas temporales. Si pasan por todos los IF's sin errores, se volcan en las tablas originales. De lo contrario se eliminaría el contenido de la tabla temporal.

no pasaría nada, ya que para eso debes de tener un ID! para la identificación de los datos por cada usuario. Pero obviamente sería tedioso. Sigo con el mismo concejo que te di.

innodb se creó precisamente para esto, cualquier apaño que metas mediante código no será ni la mitad de fiable y eficiente.
Además no veo que problema puede darte el cambio, algunas consultas puede que sean ligeramente más lentas para tablas del orden del millón de registros pero en esos casos hay otras soluciones que no implican usar un engine antiguo.

En fin, suerte.