No se si esto es lo que estáis preguntando.
Supongamos que tenemos estos archivos,
alex@shellroot:~/Escritorio$ ls
DataBase.sql Laboratorio de Lógica y Programación PoC.php
dbMedeTours.sql Musica PoC.php~
dbRealTours.xml Pantallazo-1.png shell.php
Diseño Pantallazo.png
Ahora hacemos que busque un patrón determinado, por ejemplo:
alex@shellroot:~/Escritorio$ ls | grep Tours
dbMedeTours.sql
dbRealTours.xml
Ahora desde el PHP manejamos el resultado, así:
$sCMD = "ls | grep Tours";
y como resultado sería,
alex@shellroot:~/Escritorio$ php PoC.php
dbMedeTours.sql
dbRealTours.xml