Eliminar regitros mediante checkbox

Que tal, pues les cuento mi problema, tengo una lista de nombres que tengo en una tabla, la despliego con sus respectivos checkbox y hasta ahora puedo checkear aquellos que están agregados a otra tabla, la cuestión aquí es como hago para que al momento de desseleccionar un checkbox y guardar este se elimine de la otra tabla, espero haberme explicado con claridad y puedan darme una idea sobre esto, gracias!

tengo lo siguiente:

Tengo dostablas (tabla1 y tabla2)
en la tabla1:

Código:

 Id | Nobre

En la tabla2

Código:

Id | folio | Idpersona

Código

$registrados = mysql_query("SELECT * FROM tabla1 INNER JOIN tabla2
                                       ON tabla2.Idperrsona = tabla1.Id
                                        WHERE Folio = 002");
$array = array();
while($row = mysql_fetch_array($registrados)){
 $idregistrado = $row['Id'];
 $NombreRegistrado = $row['Nombre'];
$array[$Idregistrado] = $NombreRegistrado;
}
 $lista = mysql_query("SELECT * FROM tabla2 
                             WERE folio = 002");
while($row = mysql_fetch_array($lista)){
  $id = $row['Id];
  $nombre = $row['Nombre'];
echo $nombre;
?>

Código

//a qui condiciono si el id existe en el array entonces lo chekea
<input type="checkbox" name="nombres[]" value="<?php echo $id; ?>" <?php if(key_array_exists($id, $array)){echo checked;}?>/>
}

ahora lo que necesito es que al desseleccionarlos y guardar este registro se elimine o en lugar de que aparezca en el campo Idpersona su id, se haga un update y lo deje en 0