Desde tu cliente FTP.

Click derecho al archivo o carpeta y vas a CHMOD.

777 = Publico, Grupo y tu, podran modificar, leer y ejecutar ese archivo.
O sea, el primero es tu, luego, grupo y luego el publico.
Busca más de eso, aunque generalmente los clientes ftp tienen como un mapa para guiarte.

salu2.

Para el deny from all tendria que ser una carpeta..., como por ej. includes y denegar acceso a todo contenido de alli y asi solo lo puedes llamar desde tus scripts.

Porque, si lo pones en /, poneindo deny from all, deniega acceso a todo, incluyendo index.php, index.html, etc.

Salu2.